За последние годы результаты международной деятельности ИИЯЛ УФИЦ РАН нашли свое отражение в международных конференциях, в совместных с зарубежными учеными проектах и публикациях тезисов, статей, в написании рецензий на труды зарубежных коллег. Сотрудники Института сотрудничали с учеными Германии, Греции, Венгрии, Казахстана, США, Турции, Франции, Южной Кореи, Японии и др., публикациях выполнении совместных научных проектов, организации совместных экспедиций ученых Башкортостана и зарубежных стран.

В последние годы ИИЯЛ УФИЦ РАН организовал 5 международных конференций:

1. Международная конференция «Башкортостан и Россия навеки вместе: история, современность и перспективы развития», посвященную 450-летию добровольного вхождения Башкортостана в состав России
2. Международная научно-практическая конференцию «Гуманитарные науки в Республике Башкортостан: история и современность», посвященную 75-летию ИИЯЛ УФИЦ РАН.
3. Международная научно-практическая конференция «Зайнулла Расулев — выдающийся башкирский мыслитель-философ, теолог и педагог-просветитель мусульманского мира».
4. III международный симпозиум «Исламская цивилизация в Волго-Уральском регионе».
5. Международная научная конференция, посвященная 100-летию записи эпоса «Урал-батыр» «Урал-батыр» и духовное наследие народов мира».

Отдел этнологии оказывал помощь в организации сопровождения зарубежных коллег в ходе командировок и экспедиций для сбора антропологического и этнографического материала на территории Республики Башкортостан.

В 2007 г. была организована совместная с учеными из Южной Кореи, диалектологическая экспедиция; материалы собирались в Альшеевском, Гафурийском районах РБ и в г. Сибае. В работе с зарубежными учеными принимали участие сотрудники отдела языкознания: Ф.Г. Хисамитдинова, Л.А. Ахметова, Л.К. Сафиуллина, Г.Р. Батыршина.

В 2008 г. 12 сотрудников Института выступили в качестве авторов в вышедшей в Турции коллективной монографии, посвященной различным аспектам изучения башкирского этноса. В 2009 г. был впервые издан учебник башкирского языка на немецком языке д.ф.н., проф. Ф.Г. Хисамитдиновой.

В 2008-2009 гг. проводились комплексные исследования пещер Мурадымовского ущелья совместно с профессором Парижского университета Е.Д. Резниковым. По результатам исследований сделаны публикации, в том числе и за рубежом.

Только за 3 последних года более 20 сотрудников Института выезжали в научные командировки за рубеж. В частности, Ф.Г. Хисамитдинова приняла участие в международном семинаре по языковой политике в штаб-квартире ЮНЕСКО в Париже в 2008 г. В 2010 г. ряд сотрудников Института участвовали в Международной научной конференции, посвященной 120-летию со дня рождения видного ученого-тюрколога и общественного деятеля Ахмет-Заки Валиди Тогана в Стамбульском университете (Турция). Кроме того, сотрудники Института участвовали в научных конференциях, проходивших в Казахстане, Венгрии, Греции, Дании и Хорватии. В апреле 2010 г. м.н.с. отдела этнологии А.И. Нечвалода принимал участие в качестве специалиста антрополога в работе Маргианской археологической экспедиции (руководитель В.И. Сарианиди и Н.А. Дубова (ИЭА РАН)), исследующей некрополь и ритуальный центр эпохи бронзы в Южном Туркменистане Гонур-депе. В октябре-ноябре 2010 г. участвовал в качестве специалиста антрополога в работе археологического отряда Южно-Таджикистанской археологической экспедиции (руководитель Н.М. Виноградова, ИВ РАН), исследовавший некрополь эпохи бронзы Гелот-I и некрополь Тегузак в Восейском районе Хатлонской области Республики Таджикистан. В апреле 2011 г. принимал участие в качестве специалиста антрополога в работе Маргианской археологической экспедиции (руководитель В.И. Сарианиди), а в сентябре – октябре 2011 г. – в качестве специалиста-палеоантрополога в ходе работы археологической экспедиции Института востоковедения РАН на территории Республики Туркменистан.

Институтом были приняты иностранные ученые из Венгрии, Германии, Турции, Великобритании, Франции, Южной Кореи, Японии, выступившие с докладами о своей научной деятельности на конференциях, организованных ИИЯЛ УФИЦ РАН и на специально организованных встречах с сотрудниками Института. За последние три года Институтом было принято 18 зарубежных ученых.
Сотрудники ИИЯЛ УФИЦ РАН участвовали в деятельности международных организаций: академик АН РБ З.Г. Ураксин был членом Турецкого лингвистического общества, зав. отделом этнографии и антропологии Р.М. Юсупов — членом международной ассоциации антропологов (Брюссель).

В течение 2006-2010 гг. ученые Института проводили исследования в рамках трех международных грантов. Например, при содействии немецкого фонда «Фольксваген» осуществлялись исследования и командировки участников проекта «Ислам в позднем Советском Союзе и современном СНГ».

В настоящее время ведется переписка с руководством Венгерской республики по поводу учебы и стажировки молодых ученых для изучения этнографии и языка венгерского народа с целью подтверждения или опровержения единства ранних этапов этнической истории башкир и венгров. Есть попытка установить сотрудничество с Университетом Гази (Анкара, Республики Турция).