На сегодняшний день ИИЯЛ УФИЦ РАН состоит из 9 подразделений:

• Отдел археологических исследований
• Отдел этнологии
• Отдел истории и истории культуры Башкортостана
• Отдел новейшей истории Башкортостана
• Отдел языкознания
• Отдел фольклористики
• Отдел литературоведения
• Отдел восточных рукописей
• Отдел прикладной лингвистики и диалектологии